Kad CNC sistēma ir aktivizēta, vēlamie griezumi tiek ieprogrammēti programmatūrā un tiek diktēti atbilstošiem instrumentiem un iekārtām, kas veic izmēru uzdevumus, kā norādīts, līdzīgi kā robots.

CNC programmēšanā kodu ģenerators ciparu sistēmā bieži pieņem, ka mehānismi ir nevainojami, neskatoties uz kļūdu iespējamību, kas ir lielāka ikreiz, kad CNC iekārta tiek virzīta griešanai vairāk nekā vienā virzienā.Instrumenta izvietojumu ciparu vadības sistēmā nosaka virkne ievades datu, kas pazīstami kā detaļu programma.

Izmantojot ciparu vadības iekārtu, programmas tiek ievadītas, izmantojot perfokartes.Turpretim CNC iekārtu programmas datoros tiek ievadītas, izmantojot mazas tastatūras.CNC programmēšana tiek saglabāta datora atmiņā.Pats kodu raksta un rediģē programmētāji.Tāpēc CNC sistēmas piedāvā daudz plašāku skaitļošanas jaudu.Pats labākais, ka CNC sistēmas nekādā gadījumā nav statiskas, jo jaunākas uzvednes var pievienot jau esošām programmām, izmantojot pārskatītu kodu.